Fin dall'età neolitica (VI - V millennio a. C.) sorgevano un po' ovunque sul territorio insediamenti di capannicoli. Col tempo questi insediamenti assunsero l'aspetto di vere e proprie fortificazioni. Nel II millennio a. C., il territorio era frequentato da gruppi tribali provenienti da varie zone: dall'Illiria, dalla Tracia, dalla Frigia e dalla Troade. Fu la tribù dei Paiones (Pavoni), a stanziarsi stabilmente sul monte Castellano (Crocicchia), dove fondarono la città di Gargaros (città di pietra), dando allo stesso monte il nome di Gargaro, che in seguito diverrà Garganus - Gargano. Ai piedi del monte Castellano, i Gargari fondarono un altro abitato che chiamarono Gargara. Nel secolo X a. C. (età del ferro) il nuovo abitato raccolse quasi tutti gli abitanti degli insediamenti circostanti mentre quel posto sulla cima assunse il nome di Castellanum Bisani, Castello di Bisano (di Giano). Il dio Giano era venerato in un piccolo tempio rotondo che sorgeva ad est dell'abitato . In seguito, con la conversione al Cristianesimo, il tempio venne abbattuto, e su di esso fu eretta una chiesa dedicata a San Giovanni Battista. Gli scavi effettuati sul territorio, hanno riportato alla luce tombe del IV secolo a. C.. In epoca medievale il sito di Bisanum fu assegnato al Monastero dei padri benedettini di San Giovanni in Lamis (odierno Convento di San Matteo) ed il diploma del conte normanno Enrico, dato a Monte Sant'Angelo, sanciva storicamente che il 14 novembre 1095 avveniva la fondazione della città con il nome di SAN GIOVANNI ROTONDO Con gli Svevi, San Giovanni Rotondo fu città regia e Federico II nel 1231 si appellò il titolo di: "Imperatore e Signore di San Giovanni Rotondo ".

IL DOMINIO ANGIOINO E ARAGONESE
Durante le guerre tra Spagnoli e Francesi, San Giovanni Rotondo subì devastanti saccheggi. Il primo intorno al 1440 ad opera degli Aragonesi (San Giovanni Rotondo era fedele agli Angiò regnanti); il secondo intorno al 1461-62 ad opera questa volta degli Angioini (San Giovanni Rotondo difendeva i diritti di Ferdinando d'Aragona). Liberato da Giorgio Castriota Scandeberg, principe d'Albania, nel 1464, San Giovanni Rotondo ritornò agli Spagnoli. Sotto la signoria dei Consalvo, esso fu saccheggiato altre due volte dai Francesi, nel 1504 e nel 1528 (generale Odet de la Foix, conte di Lautrec), e perse nell'incendio del Palazzo dell'Università tutto l'archivio. Firmata la pace tra i due contendenti, nel 1536 Carlo V inviò ai sangiovannesi un diploma nel quale riconosceva San Giovanni Rotondo "fidelissima Universitas", riconfermava tutti i privilegi, gli usi civici e i diritti di promiscuità sui territori confinanti, che il paese aveva prima della guerra, e concedeva venti anni di franchigia dalle tasse alla fine di riparare le case e le mura della città.

La città riuscì sempre a conservare , nonostante le varie dominazioni (angioine, aragonesi, borboniche), la sua dignità e non subì mai l'oltraggio della schiavitù per ottenere la sua libertà. Cenni Geografici San Giovanni Rotondo è un ridente ed accogliente paese, posto a 557 metri sul livello del mare, collocato tra Monte Calvo, Monte Castellana e Monte Nero; dista circa 40 km da Foggia e, a sud-est si affaccia sul golfo di Manfredonia. Ha una popolazione in crescita, di circa 30.000 abitanti. Il clima, per la sua posizione geografica, è freddo di inverno e caldo d'estate; in inverno la zona è spazzata da un vento freddo di bora (la voria). Nel complesso grazie al clima buono è un'ottima stazione climatica. E' fiorente il turismo religioso, legato alla figura di Padre Pio, con il fiorire di molte attività ricettive (alberghi, pensioni, ristoranti) e piccole attività per la produzione di articoli religiosi. Oltre al turismo l'economia del paese è basata sull'agricoltura: olio, mandorle, prodotti caseari cereali e ortaggi; esistono inoltre piccole attività per la lavorazione della pietra e del marmo. L'attività per eccellenza è legata al complesso ospedaliero "Casa Sollievo della Sofferenza", uno dei poli sanitari più importanti d'Italia per reparti e attrezzatura. Oltre per l'Ospedale, la zona del paese denominata "Cappuccini" è il fulcro della economia del paese, grazie all'alto numero di religiosi che richiama da tutto il mondo.